混沌之初，天地未分。盘古大帝斧破鸿蒙，开辟八荒四海及中州大地，并创造神祇和发明万物群生。盖地之所载，**之间，四海之内，照之以日月，经之以星辰，纪之以四时，要之以太岁，惟神明能通其道。
话说昊天大帝盘古开辟三千大世界，创造亿万生灵，制定无上天道。随之其肉身化为元炁，滋润天地洪荒，养育世间万物。而全身骨骼十二万九千六百块，化为十二万九千五百九十九位神祇，替他守护和统御这无垠宇宙。只留耳后一块听骨，凝聚一道本源真炁于其中，游荡于天地之间，倾听这个由他创造的世界所发出的声音。
这十二万九千五百九十九位神祇，每一万零八百年渡一小劫，渡劫成功则通往下一个一万零八百年后的小劫，失败者则元气修为停留在此劫层次，寿元以十二万九千六百年为限。众神每历一劫，难度便加大一级，修为也加深一层。凡经历十二小劫，便渡一天劫，渡天劫失败者寿元自此终结，消散为宇内尘埃。而成功渡过天劫者晋升为帝神，与天地日月同寿，成为宇宙中最接近天帝盘古的无上太极真神，也是诸多神祇和三千世界之真正主宰。
昊天纪年十二万二千二百年，十二万九千五百九十九位神祇中，十万之数只渡得一劫，二万之数渡得两劫，九千之数渡得三阶，只余五百九十九之数能跨过四劫难关。而最终能顺利渡过前十一次小劫的真神，只剩下八位，分别为：天皇燧人氏，地皇伏羲氏及人皇神农氏，此三皇主宰中州，世居昆仑山上昆仑宝殿，乃万物生灵膜拜之无上至尊。另五位则是占据东陆九州的炎帝，黄帝和蚩尤，以及独霸西陵的西王母和主宰北原的女娲两位女帝。
中州以南之南泽，遍布繁茂悠久的雨林和危机四伏的沼泽，如混沌乱世，妖兽横行，毫无天地法则，连神祇都望而止步。
东陆，西陵，南泽，北原环绕中州，此五界组成三千世界之中心。五界以外则是浩浩汤汤之无际四海，四海再以外则是八荒，八荒无界无边，无法无则，弱肉强食，胜者为王，由毒荒，鬼荒，阴荒，苦荒，悲荒，怒荒，残荒，戾荒八大荒域组成。八荒以外，有无世界，无人得知，也无人踏足游历，是未知的神秘黑暗宇宙。
昊天纪年十二万二千二百二十年，昆仑山万丈上空突然降下亿万道惊雷，随即诸神悲歌，万兽哀嚎，声绕四海八荒百日不绝。百天之后，地皇伏羲氏在昆仑宝殿第九层昭告天下：天皇燧人氏龙驭宾天，长辞世间。而伏羲氏也宣告自己即日起，隐退至东海仙山蓬莱，不再理万界俗务，并由人皇神农氏接管昆仑山，成为众神诸生之唯一主宰。
神农氏独掌诸界之后，性情大变，经年长伏昆仑宝殿第九层，不许任何人神打扰。只有其座下神兽应龙，替人皇神农氏传檄神谕，遥控万界事务。
时光如梭，白驹过隙，又过去了两百余年，万界之间，已经没有人在意天皇燧人氏为何突然寿元终结，也没有人在意地皇伏羲氏到底身处何方，更没有人在意人皇神农氏两百年蛰伏昆仑宝殿，到底所为何事？
四海八荒，**之间，神妖人兽，皆只知应龙统御昆仑，一言九鼎，挟人皇之威名，行失德之暴政。
东陆两位帝君炎帝和黄帝，不满应龙假借三皇之名，实则荼毒生灵，扰乱中州，违逆天道。遂修德振兵，亲率东陆大军，欲上昆仑宝殿觐见人皇神农氏，以便清君侧靖国难，还宇内一片清明。
然正当破晓天明之际，同处东陆的九黎大帝蚩尤，忽然率部落大军突袭炎黄联军后军阵营，导致炎黄两帝之大军首尾相失，功亏一篑，欲上昆仑的计划也最终以失败告终。
东陆由此也进入连年征战的混乱局面，而西陵，北原，南泽以及四海八荒的神祇和妖魔精怪等各方势力，也纷纷蠢蠢欲动，各怀鬼胎，其中不乏意图乘虚入主昆仑山，取三皇而代之的野心之辈……