（戏肉）所谓“棋所”，是德川幕府赐予围棋最强手的荣誉称号。
其职责是总理围棋事务，指导将军弈棋，垄断围棋等级证书的颁发权等。
德川家康每年还支付给日海禄米五百石。
日海将寂光寺堂宇号为“本因坊”，自己改名称算砂，是为本因坊鼻祖。
这就是流传至今的本因坊名胜的由来。
当时因棋艺高超而享有禄米的还有另外三个嫡派，即安井家、井上家、林家，加上本因坊，合称“棋所四家”。
在当时战乱中的日本，统治者认识到棋枰如战场，因而酷好围棋并对棋手大力扶植。
这样，围棋不但没有因战乱而衰落，反而出现了日海这样名垂后世的大师和四大门派争先的围棋盛世。
1644年幕府建立了“御城棋”制度，出战者有“棋所四家”和其它的六段棋手。
名门望族也可破格参加。
参加“御城棋”被看作与武士们在将军面前比武同等高尚。
不久，各家围绕“棋所”头衔展开了反复激烈的争夺战。
这一时期是日本围棋史上的重要里程碑。
夺取“棋所”的最初争霸战是本因坊二世算悦与安井二世算知的对局。
从1645年至1653年的九年间，分先对战六局，结果是3：3成为和局。
由于双方相持不下，因而都没能就任“棋所”。
按规定，就任“棋所”需符合下列条件：
1以棋艺超群而由“四家”一致推荐；
2并在比赛中取胜；
3得到官命。
算悦死后，算知依靠官场势力，于1668年被官命为“棋所”。
然而本因坊三世道悦提出异议，要求争棋。
至1675年止，双方酣战二十局，结果算知负十二局、胜四局、和四局而惨败，1676年交回“棋所”。
道悦将本因坊传给弟子道策掌门，自己隐退了。
这次争棋是日本围棋史是最激烈的对抗战之一。
1677年本因坊四世道策被推举为“名人棋所”。
使各家皆无可挑剔而被推举为名人的只有道策，可谓空前绝后。
道策被公认为“棋圣”，他一反传统的偏于力战的着法，开创了延续至今的重视全局协调的近代布局理论。
1682年道策授四子与访日的琉球第一名手、王子亲云上滨比贺对局，这是日本人与外国人对弈，道策精彩地大败对手，显示了当时日本棋坛的高水平。
在日本一般认为，由此时开始，日本围棋水平已经超过中国；但现代棋界泰斗吴清源先生指出：当时的日本围棋著作《发扬论》、《棋经众妙》、《死活机妙》等书，大多取材于中国的《玄玄棋经》，并认为，中国在乾隆年间是围棋发展史上的最高峰。
日本著名作家川端康成曾问过吴清源先生，乾隆年间名手的实力相当于日本的几段，吴氏答曰：已相当高了，大致不逊于日本的“名人”吧。
继道策之后，井上四世道节、本因坊五世道知先后任“名人棋所”。
1727年道知去世，这以后“棋所”长期空位。因无出类拔萃之强手，棋坛曾一度萧条。
1766年开始了本因坊九世察元与井上六世春硕的棋争，翌年察元以五胜一和的压倒优势战胜对手，即位名人，1770年被批准出任棋所。
此后棋界逐步复苏，十九世纪初叶至中叶，围棋活动步入全盛时期。
此时，本因坊十一世元丈和安井八世知得棋技相当，皆难居尊，轩此二人平分秋色，同居八段准名人地位，被誉为棋界的双璧时代。
这期间还经历了本因坊十二世丈和与井上十一世因硕就“棋所”位置而明争暗斗的时代。
据文献记载，1841年在日本有棋手七段以上8人，六段6人，五段10人，五段以下257人。弘化（1844—1848年）年间见于记载的棋手共有431人。
近代发展。
1853年美国舰队兵临日本，要扣关登陆，整个日本朝野震动，形势告急。
围棋界也因此而趋向衰落。
先是1862年终止了“御城棋”制度。
其次本因坊十四世秀和的继承人被称为棋圣的秀策，在这一年染流行病夭逝。
加上明治维新废除了“棋所”制度，各家交还俸禄，棋士的生活骤然贫困。
1879年本因坊十八世村濑秀甫联合本因坊十二世丈和第三子中川龟三郎和东京的58位棋士，结成了日本第一围棋团体方圆社，致力于围棋的复兴。
另一方面，去林家当养子的秀和之子本轩坊十七世秀荣目睹本因坊门的困境，便再次继承本轩坊名号，与方圆社对峙，双方一起推动了棋界的繁荣。
黄遵宪在《日本国志》中曾记述了当时日本围棋普及的情况，“围棋最多高手，豪富子弟风雅士夫无不习之者，良朋夜宴酒酣兴豪则楸枰罗列矣。”
在《日本杂事诗》中也有诗为据“醉吸琼浆数百杯，手携楸局上霞台，烂柯莫管人间事，且赌瀛洲玉袜来。”
而此时的中国棋界自鸦片战争以来，国势衰微，棋运不振。
至本世纪初日本四段棋手高部道平来华，使中国一流棋手纷纷落马，正式表明日本围棋水平已超过了中国。
棋院成立。
这以后涌现出一批围棋结社，如裨圣会、中央棋院、六华会等。
经多次分化组合，终于在1925年春，整个棋界合为一体，成立了日本棋院。
棋院本部设在东京，并在各地设若干分院。
棋院发行围棋杂志、书籍，培养棋手并确立了段位制度。
日本棋院的成立，结束了少数世家垄断棋坛的围棋门阀体系，鼓励棋手们自由争锋，有力地促进了棋艺的提高。这是日本围棋史上具有划时代意义的事件。
不久若干名手退出棋院，推雁金准一为盟主，结成棋正社，并说服《读卖新闻》社，向日本棋院提出挑战。
本因坊二十一世秀哉为棋院一方与雁金准一的决战，使全国的围棋爱好者欣喜若狂。
以此为契机大大刺激了围棋界，使之进一步兴旺起来。
厮杀结果，秀哉获胜。
其他的对战也因棋院有一批以木谷实为首的年富力强的新秀，致使棋正社败北。